Buitenaardse machines vallen zonder waarschuwing de aarde aan. Geconfronteerd met deze schijnbaar onoverwinnelijke dreiging vlucht de mensheid van de aarde naar een veilig heenkomen op de maan. Daar ontwikkelt de mensheid een leger androidsoldaten om terug te strijden tegen de mechanische horde, maar het lukt ze alleen hun opmars te vertragen. Om de impasse te doorbreken is een nieuw soort androidinfanterie de strijd in gestuurd: de YoRHa squad. In de verlaten woestenij op aarde woedt de oorlog tussen machines en androids voort. Een oorlog die binnenkort de lang vergeten waarheid over deze wereld zal blootleggen.